NRGene组装出更为完整准确的甘薯基因组

来自中国、韩国和日本的研究团队得到了具有划时代意义的甘薯基因组

NRGene 公司,为中国、韩国和日本三国科学家团队组装出了比以往都更为完整准确的甘薯基因组。

该基因组测序项目为中日韩三边甘薯研究委员会(TRAS)所赞助计划中的一部分。TRAS的成员包括中国农业科学院甘薯研究所、中国农业大学、韩国农村振兴厅、韩国生命工学研究院、日本国立农研机构及日本Kazusa DNA研究所。

TRAS主席——中国农业大学刘庆昌教授表示:“对于国际社会、尤其是亚洲和非洲地区而言,甘薯是一种重要作物。它能为人类提供丰富的维生素、矿物质及热量。这也是为什么我们启动了这个甘薯基因组的国际测序项目。”

结合Illumina测序平台以及NRGene公司开发的DeNovoMAGIC 3.0TM 3.0软件,该甘薯(Ipomoea batatas)基因组组装耗时不到两个月。NRGene在组装过程中充分利用大数据优势,通过快速且高效地分析Illumina测序读数,拼接出了具有目前为止最高精确度的完整基因组。

甘薯是一种具有90条染色体(2n=6X=90)的六倍体杂合物种,具有4.8–5.3 pg/2C细胞核的庞大基因组。由NRGene的DeNovoMAGIC 3.0 软件组装出的基因组,大小为2.37Gbp,scaffold N50达到2.15Mbp。针对基因内容的BuscoTM检测证实了本次组装的完整性和准确性,组装中超过94.5%的基因序列呈完整且位于已组装基因组中。

韩国农村振兴厅的Ung-Han Yoon博士说:“基因研究在过去两三年里有了突飞猛进的发展。之前,我们为基因组组装投入了长达数年的工作。而今,利用NRGene的技术,仅需数周时间和少量费用,我们就能获得诸如甘薯这样重要作物的关键数据。”

甘薯研究的下一步是组建甘薯泛基因组,这将使研究人员发现每个品种中独特与共有的遗传性状,培育出具有更高营养价值、产量与抗病能力等特性的甘薯。甘薯泛基因组分析将通过NRGene的PanMAGICTM软件实现。该软件能捕获物种多样性,在对多品种对比分析的基础上呈现出整个物种的基因组全貌。PanMAGICTM提供的完整泛基因组分析包括基因组之间定位、SNP、各种大小的基因插入与缺失、基因组结构变异与基因缺失变异/拷贝数变异等等。

“借助这个完整的基因组与之后的泛基因组分析,育种人员能开发出占用更少资源、营养价值和产量更高的品种。”NRGene首席执行官Gil Ronen总结道。

关于NRGene公司

NRGene是一家基因组大数据公司,致力于开发高端软件及算法,揭开农作物、动物及水生有机体的复杂性与多样性,为最领先与最成熟的育种项目提供支持。NRGene科技已被全球多家一流种子公司,以及最具影响力的学术研究团队采用。

公司网址www.nrgene-china.com